- 反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元…
- 黑日组织在国际股市移走了500亿美元资金，企图用这笔资金进行恐怖活动经费并且栽赃中国。神鹰反恐特战队将计就计，启动R4行动。在杨灿、那敏、柳诗文等潜伏人员和厉剑锋带领的特战队员的完美配合下，粉碎了敌人。
- H国黑日组织为了暗杀要剿灭恐怖势力的总统候选人阿巴斯部长，趁他在中国出访，派杀手刺身行刺。神鹰反恐特战队接到命令迅速出动，布下天罗地网抓捕刺身打击越境恐怖分子，最终促成两国反恐协议签署。